apt-get install mysql

でインストール完了後、設定しているうちに、データの整合性がとれなくなった。
しかたなく、mysqlのデータベースを全て削除し、再インストールを行う。

$ sudo service mysql stop
$ sudo rm -rf /var/lib/mysql/*
$ sudo mysql_install_db --datadir=/var/lib/mysql
$ sudo service mysql start
$ sudo /usr/bin/mysql_secure_installation
$ sudo mysql_secure_installation
$ mysqladmin -u root password 'passwd'
$ mysql -u root -p

ログイン出来る事を確認する。